Hvordan lage agarose geler

Video: Making an Agarose Gel - University of Leicester

Innhold

retninger
Fremstilling av agarosegelen
advarsel
Hva du trenger

Agarose geler er laget av forskere som arbeider i molekylærbiologilaboratorier for å studere DNA-fragmenter som er modifisert under eksperimentelt arbeid. Teknikken for å lage agarosegel er en grunnleggende rutinekompetanse som må mestres av alle forskere, da det muliggjør direkte visualisering av forskjellige størrelser DNA for verifikasjon og genkloning. Selv om gelpreparering ikke er vanskelig, som med alle laboratorieprosedyrer, bør den bare prøves av en profesjonell som er vitenskapelig opplært på grunn av de biologiske risikoene som er involvert.

retninger

Hvordan lage agarose geler (Comstock Images / Comstock / Getty Images)

Fremstilling av agarosegelen

Sørg for at gelbasene ikke har sprekker eller noe som kan føre til at den varme agarosen lekker. Rengjør skuffer med 70% alkohol og la det tørke helt. Basen har to åpne ender og to lukkede ender. I noen formater er klips forsynt med dem for å lukke endene, men de fleste må være forseglet ved å plassere tape strips mellom de åpne delene. Trykk båndet godt og sikkert, da de kan bevege seg bort fra holderen og la den varme agarosen lekke.
Basert på størrelsen på DNA-fragmentet som skal separeres og analyseres på agarosegel, bestemme den aktuelle prosenten som vil være nødvendig. For eksempel, ved 1% (vekt / volum) vil agarosegelen være effektiv for analysen av 0,5 til 10 kb DNA-segmenter. Jo høyere prosentandel (mer agarose), jo mindre fragmenter som kan skilles. Rutinemessige eksperimenter utnytter et område på 0,5% til 2% agarose. For 1% agarosegel, veie 1 g agarosepulver i en kjemisk dressing eller et annet inneslutningssystem. Overfør forsiktig til laboratoriepreparasjonsområdet av gelen.
I det riktige gelpreparasjonsområdet måles 100 ml elektroforesebuffer. Det bør være ved romtemperatur. Overfør agarosepulveret til en brannslukkekolbe og hell det målte volumet av elektroforesebufferen. Varm opp blandingen forsiktig i en mikrobølgeovn, men ikke koker den, fordi fordampning kan endre prosentandelen av agarose tilstede. Sørg for at all agarose er oppløst, rist til grundig blanding, la den avkjøle litt og tilsett deretter 0,5 mikrogram per milliliter etidiumbromid. Unngå innånding av damp fordi dette kan irritere lungene og slimhinnen. Oppvar ikke oppløsningen etter at etidiumbromidet er tilsatt. Rist igjen for å blande, og deretter, mens løsningen er fortsatt varm nok til å bli spilt, dispensere den inn i den forberedte basen. Merk at hvis et stort volum av prøve eller en liten konsentrasjon av DNA er tilstede, kan en tykkere gel fremstilles. Imidlertid er de finere gelene lettere å analysere fordi de blir tydeligere fotografert.
Sett kamene inn i gelen for å lage spor eller brønner for prøven som skal plasseres. La det avkjøles til romtemperatur i flere timer eller i kjøleskapet i noen minutter. I sistnevnte tilfelle, når gelen er klar, bør forekomsten av agarosekrystaller observeres. Vanligvis forsvinner de hvis gelen får varmes opp til romtemperatur på en benkeplate i noen minutter før bruk. Fjern forsiktig kamene for ikke å rive gelen eller bryte brønnene. Agarosegelen er nå klar til bruk. Hvis den ikke brukes umiddelbart, må den pakkes inn i cellofan eller oppbevares i en plastbeholder i kjøleskapet for å forhindre at den tørker ut eller smelter.

advarsel

Reagensene som brukes er mulige kreftfremkallende stoffer, og skal håndteres med forsiktighet og tilstrekkelig beskyttelse. Hvis det oppstår en feil under fremstillingen av gelen, bør den aldri bli oppvarmet, men eliminert og en ny gel forberedt på nytt.